L Charvoz, L Apothéloz-Perret-Gentil, E Reo, J Thiébaud, J Pawlowski
PeerJ 9, e12357
ABSTRACT
Newts are amphibians commonly present in small ponds or garden pools in urban areas. They are protected in many countries and their presence is monitored through visual observation and/or trapping. However, newts are not easy to spot as they are small, elusive and often hidden at the bottom of water bodies. In recent years, environmental DNA (eDNA) has become a popular tool for detecting newts, with a focus on individual species using qPCR assays. Here, we assess the effectiveness of eDNA metabarcoding compared to conventional visual surveys of newt diversity in 45 ponds within urban areas of Geneva canton, Switzerland. We designed newt-specific mitochondrial 16S rRNA primers, which assign the majority of amplicons to newts, and were able to detect four species known to be present in the region, including the invasive subspecies , native to the Italian peninsula, that has been introduced in the Geneva area recently. The obtained eDNA results were congruent overall with conventional surveys, confirming the morphological observations in the majority of cases (67%). In 25% of cases, a species was only detected genetically, while in 8% of cases, the observations were not supported by eDNA metabarcoding. Our study confirms the usefulness of eDNA metabarcoding as a tool for the effective and non-invasive monitoring of newt community and suggests its broader use for the survey of newt diversity in urban area at larger scales.
RÉSUMÉ
Les tritons sont des amphibiens communément présents dans les petits étangs ou les bassins de jardin des zones urbaines. Ils sont protégés dans de nombreux pays et leur présence est surveillée par observation visuelle et/ou par piégeage. Cependant, les tritons ne sont pas faciles à repérer car ils sont petits, insaisissables et souvent cachés au fond des plans d’eau. Ces dernières années, l’ADN environnemental (ADNe) est devenu un outil populaire pour détecter les tritons, en se concentrant sur les espèces individuellement à l’aide de tests qPCR. Nous évaluons ici l’efficacité du métabarcoding de l’ADNe par rapport aux inventaires visuels conventionnels de la diversité des tritons dans 45 étangs situés dans des zones urbaines du canton de Genève, en Suisse. Nous avons conçu des amorces mitochondriales d’ARNr 16S spécifiques aux tritons, qui attribuent la majorité des amplicons aux tritons, et nous avons pu détecter quatre espèces connues dans la région, y compris la sous-espèce invasive Lissotriton vulgaris meridionalis, originaire de la péninsule italienne, qui a été introduite récemment dans la région de Genève. Les résultats obtenus par l’ADNe étaient globalement conformes aux inventaires conventionnels, confirmant les observations morphologiques dans la majorité des cas (67%). Dans 25 % des cas, une espèce n’a été détectée que génétiquement, tandis que dans 8 % des cas, les observations n’étaient pas soutenues par le métabarcoding de l’ADNe. Notre étude confirme l’utilité du métabarcoding de l’ADNe comme outil de suivi efficace et non invasif de la communauté des tritons et suggère son utilisation plus large pour l’étude de la diversité des tritons en zone urbaine à plus grande échelle.
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