Tel est le tour de force accompli par la société genevoise ID-Gene ecodiagnostics spécialisée dans la biosurveillance des milieux aquatiques.
Dans le cadre de la Stratégie Biodiversité Genève 2030, l’Office cantonal de l’eau (OCEau) a lancé une étude d’envergure sur six cours d’eau du canton. L’objectif du projet est de présenter un relevé de biodiversité aquatique de certaines rivières qui servira d’état de référence. L’ Aire, l’Allondon, la Drize, la Seymaz, le Vengeron et la Versoix ont été échantillonnées. La collecte des échantillons n’a duré que 4 jours et a permis d’identifier 681 animaux et 488 algues, protistes et plantes.
L’utilisation de l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode relativement nouvelle pour étudier la biodiversité aquatique. Cette méthode consiste à extraire l’ADN présent dans l’eau, les sédiments ou les organismes aquatiques pour identifier les espèces présentes dans un échantillon sans avoir à les observer directement.
Cette méthode présente plusieurs avantages par rapport aux méthodes d’échantillonnage traditionnelles, telles que la pêche électrique ou les pièges. Elle permet une détection plus exhaustive des espèces présentes dans un échantillon, y compris les espèces rares ou difficiles à observer directement. Elle est également moins invasive pour les organismes étudiés et peut être utilisée pour suivre les changements dans la biodiversité au fil du temps.
Dans le cas de l’étude des cours d’eau genevois, huit marqueurs génétiques ont été analysés pour couvrir tous les groupes taxonomiques des eucaryotes, à l’exception des champignons et des plantes. Cela permet une très large couverture de la biodiversité aquatique dans les cours d’eau étudiés. Les espèces identifiées incluent 225 espèces d’algues, 162 espèces d’insectes, 26 espèces des poissons, 26 espèces de crustacés, 17 espèces de mollusques ainsi que des centaines d’autres organismes.
Parmi les poissons, on note la présence des espèces au bord de l’extinction, en danger ou vulnérables en Suisse comme la truite danubienne, le spirlin, le blageon et l’ombre commun ainsi que des espèces introduites en Suisse : le poisson-chat, l’épinoche, la perche soleil, la truite arc-en-ciel. Parmi les autres vertébrés, on trouve le triton alpestre et la salamandre tachetée qui a le statut d’espèce vulnérable.
Parmi les crustacés, l’écrevisse signal est bien présente dans 5 des 6 rivières. De plus, une espèce invasive de mollusque, Physella acuta, a été identifiée en faible quantité. Dans plusieurs sites on trouve aussi la présence des mammifères, notamment du blaireau, du castor, du renard, de l’écureuil, du hérisson et de plusieurs espèces de chauves-souris.
Tous les sites abritent environ 500 espèces identifiées, toutefois le profil de biodiversité diffère d’une rivière à l’autre. La Versoix est riche en poisson avec 22 espèces présentes, l’Allondon abrite 112 espèces d’insectes, les crustacés sont bien représentés dans la Versoix, la Seymaz et l’Aire. Seul le Vengeron compte légèrement moins d’espèces en comparaison avec les autres rivières.
En conclusion, l’utilisation de l’ADN environnemental pour étudier la biodiversité aquatique est une méthode prometteuse qui permet une meilleure connaissance de la diversité des espèces dans les cours d’eau et peut contribuer à la conservation de ces écosystèmes.
L’étude a été commandée par le Département du Territoire, l’Office cantonal de l’eau (OCEau). Responsables du projet : Mme Arielle Cordonier, (secteur d’Hydrobiologie), Kristina Cermakova (ID-Gene).